mirror of https://github.com/aziis98/asd-2024.git
some progress
parent
7cff1ce50a
commit
690c5fcd00
@ -0,0 +1,334 @@
|
||||
⠖ estimating line count
|
||||
skipped 2418 lines of type: P
|
||||
Number of entries: 8347110
|
||||
Computing graph stats...
|
||||
Computing nodes degrees...
|
||||
Computing histogram...
|
||||
Stats:
|
||||
- Nodes: 3460855
|
||||
- Edges: 3459968
|
||||
Graph degrees histogram (degree/count):
|
||||
- 1: 2123
|
||||
- 2: 2017235
|
||||
- 3: 280142
|
||||
- 4: 1047601
|
||||
- 5: 69572
|
||||
- 6: 20940
|
||||
- 7: 8895
|
||||
- 8: 4709
|
||||
- 9: 2768
|
||||
- 10: 1740
|
||||
- 11: 1140
|
||||
- 12: 873
|
||||
- 13: 644
|
||||
- 14: 436
|
||||
- 15: 339
|
||||
- 16: 267
|
||||
- 17: 210
|
||||
- 18: 183
|
||||
- 19: 127
|
||||
- 20: 100
|
||||
- 21: 97
|
||||
- 22: 77
|
||||
- 23: 55
|
||||
- 24: 48
|
||||
- 25: 48
|
||||
- 26: 28
|
||||
- 27: 33
|
||||
- 28: 32
|
||||
- 29: 39
|
||||
- 30: 29
|
||||
- 31: 19
|
||||
- 32: 18
|
||||
- 33: 17
|
||||
- 34: 8
|
||||
- 35: 15
|
||||
- 36: 7
|
||||
- 37: 12
|
||||
- 38: 14
|
||||
- 39: 10
|
||||
- 40: 8
|
||||
- 41: 6
|
||||
- 42: 8
|
||||
- 43: 8
|
||||
- 44: 6
|
||||
- 45: 10
|
||||
- 46: 5
|
||||
- 47: 5
|
||||
- 48: 6
|
||||
- 49: 5
|
||||
- 50: 9
|
||||
- 51: 2
|
||||
- 52: 6
|
||||
- 53: 3
|
||||
- 54: 4
|
||||
- 55: 2
|
||||
- 56: 1
|
||||
- 57: 8
|
||||
- 58: 1
|
||||
- 59: 3
|
||||
- 60: 3
|
||||
- 61: 1
|
||||
- 62: 1
|
||||
- 63: 5
|
||||
- 64: 1
|
||||
- 65: 3
|
||||
- 66: 1
|
||||
- 67: 6
|
||||
- 68: 2
|
||||
- 69: 1
|
||||
- 71: 3
|
||||
- 72: 3
|
||||
- 73: 2
|
||||
- 74: 2
|
||||
- 75: 1
|
||||
- 78: 1
|
||||
- 79: 1
|
||||
- 80: 2
|
||||
- 81: 1
|
||||
- 83: 1
|
||||
- 84: 2
|
||||
- 85: 2
|
||||
- 87: 2
|
||||
- 90: 1
|
||||
- 91: 1
|
||||
- 93: 1
|
||||
- 96: 2
|
||||
- 97: 3
|
||||
- 99: 1
|
||||
- 100: 1
|
||||
- 101: 2
|
||||
- 105: 2
|
||||
- 108: 1
|
||||
- 110: 1
|
||||
- 112: 1
|
||||
- 115: 2
|
||||
- 116: 1
|
||||
- 118: 1
|
||||
- 119: 2
|
||||
- 126: 1
|
||||
- 127: 1
|
||||
- 130: 1
|
||||
- 131: 1
|
||||
- 132: 1
|
||||
- 135: 1
|
||||
- 136: 1
|
||||
- 142: 1
|
||||
- 143: 1
|
||||
- 150: 1
|
||||
- 151: 2
|
||||
- 164: 1
|
||||
- 165: 1
|
||||
- 168: 2
|
||||
- 176: 1
|
||||
- 183: 1
|
||||
- 186: 1
|
||||
- 197: 1
|
||||
- 206: 1
|
||||
- 208: 1
|
||||
- 211: 1
|
||||
- 229: 1
|
||||
- 235: 1
|
||||
- 269: 1
|
||||
- 310: 1
|
||||
- 439: 1
|
||||
- 454: 1
|
||||
Computing edge types...
|
||||
Computing edge types histogram...
|
||||
Edge types histogram (type/count):
|
||||
- TreeEdge: 3459280
|
||||
- BackEdge: 33402
|
||||
- ForwardEdge: 352745
|
||||
- CrossEdge: 1041433
|
||||
Removing back edges...
|
||||
Computing edge types...
|
||||
Computing edge types histogram...
|
||||
Edge types histogram (type/count):
|
||||
- TreeEdge: 3459280
|
||||
- ForwardEdge: 352745
|
||||
- CrossEdge: 1041433
|
||||
Computing connected components...
|
||||
Computing sizes histogram...
|
||||
Connected components histogram (size/count):
|
||||
- 2: 531
|
||||
- 3: 1
|
||||
- 4: 2
|
||||
- 8: 1
|
||||
- 92: 1
|
||||
- 135: 1
|
||||
- 293: 1
|
||||
- 305: 1
|
||||
- 2286: 1
|
||||
- 5040: 1
|
||||
- 5639: 1
|
||||
- 9714: 1
|
||||
- 12885: 1
|
||||
- 30694: 1
|
||||
- 40082: 1
|
||||
- 50661: 1
|
||||
- 58959: 1
|
||||
- 101785: 1
|
||||
- 149495: 1
|
||||
- 160235: 1
|
||||
- 518148: 1
|
||||
- 951466: 1
|
||||
- 1361860: 1
|
||||
Picking largest connected component...
|
||||
Computing graph stats...
|
||||
Computing nodes degrees...
|
||||
Computing histogram...
|
||||
Stats:
|
||||
- Nodes: 1361860
|
||||
- Edges: 1361860
|
||||
Graph degrees histogram (degree/count):
|
||||
- 2: 2547
|
||||
- 4: 790748
|
||||
- 6: 124055
|
||||
- 8: 397684
|
||||
- 10: 29479
|
||||
- 12: 8481
|
||||
- 14: 3512
|
||||
- 16: 1819
|
||||
- 18: 1032
|
||||
- 20: 666
|
||||
- 22: 448
|
||||
- 24: 346
|
||||
- 26: 207
|
||||
- 28: 167
|
||||
- 30: 139
|
||||
- 32: 92
|
||||
- 34: 81
|
||||
- 36: 58
|
||||
- 38: 44
|
||||
- 40: 35
|
||||
- 42: 29
|
||||
- 44: 28
|
||||
- 46: 24
|
||||
- 48: 24
|
||||
- 50: 11
|
||||
- 52: 4
|
||||
- 54: 13
|
||||
- 56: 9
|
||||
- 58: 13
|
||||
- 60: 5
|
||||
- 62: 4
|
||||
- 64: 2
|
||||
- 66: 3
|
||||
- 68: 5
|
||||
- 70: 2
|
||||
- 72: 4
|
||||
- 74: 1
|
||||
- 76: 1
|
||||
- 78: 1
|
||||
- 80: 1
|
||||
- 82: 1
|
||||
- 84: 1
|
||||
- 86: 5
|
||||
- 88: 4
|
||||
- 90: 2
|
||||
- 94: 1
|
||||
- 100: 1
|
||||
- 104: 1
|
||||
- 108: 2
|
||||
- 114: 1
|
||||
- 128: 1
|
||||
- 134: 1
|
||||
- 144: 1
|
||||
- 146: 1
|
||||
- 156: 1
|
||||
- 166: 1
|
||||
- 192: 1
|
||||
- 198: 1
|
||||
- 200: 1
|
||||
- 218: 1
|
||||
- 230: 1
|
||||
- 238: 1
|
||||
- 258: 1
|
||||
- 298: 1
|
||||
- 326: 1
|
||||
- 364: 1
|
||||
- 470: 1
|
||||
Compacting chains...
|
||||
Compacted 121 nodes
|
||||
Computing graph stats...
|
||||
Computing nodes degrees...
|
||||
Computing histogram...
|
||||
Stats:
|
||||
- Nodes: 1361739
|
||||
- Edges: 1361739
|
||||
Graph degrees histogram (degree/count):
|
||||
- 2: 2547
|
||||
- 4: 790627
|
||||
- 6: 124055
|
||||
- 8: 397684
|
||||
- 10: 29479
|
||||
- 12: 8481
|
||||
- 14: 3512
|
||||
- 16: 1819
|
||||
- 18: 1032
|
||||
- 20: 666
|
||||
- 22: 448
|
||||
- 24: 346
|
||||
- 26: 207
|
||||
- 28: 167
|
||||
- 30: 139
|
||||
- 32: 92
|
||||
- 34: 81
|
||||
- 36: 58
|
||||
- 38: 44
|
||||
- 40: 35
|
||||
- 42: 29
|
||||
- 44: 28
|
||||
- 46: 24
|
||||
- 48: 24
|
||||
- 50: 11
|
||||
- 52: 4
|
||||
- 54: 13
|
||||
- 56: 9
|
||||
- 58: 13
|
||||
- 60: 5
|
||||
- 62: 4
|
||||
- 64: 2
|
||||
- 66: 3
|
||||
- 68: 5
|
||||
- 70: 2
|
||||
- 72: 4
|
||||
- 74: 1
|
||||
- 76: 1
|
||||
- 78: 1
|
||||
- 80: 1
|
||||
- 82: 1
|
||||
- 84: 1
|
||||
- 86: 5
|
||||
- 88: 4
|
||||
- 90: 2
|
||||
- 94: 1
|
||||
- 100: 1
|
||||
- 104: 1
|
||||
- 108: 2
|
||||
- 114: 1
|
||||
- 128: 1
|
||||
- 134: 1
|
||||
- 144: 1
|
||||
- 146: 1
|
||||
- 156: 1
|
||||
- 166: 1
|
||||
- 192: 1
|
||||
- 198: 1
|
||||
- 200: 1
|
||||
- 218: 1
|
||||
- 230: 1
|
||||
- 238: 1
|
||||
- 258: 1
|
||||
- 298: 1
|
||||
- 326: 1
|
||||
- 364: 1
|
||||
- 470: 1
|
||||
Computing edge types...
|
||||
Computing edge types histogram...
|
||||
Edge types histogram (type/count):
|
||||
- TreeEdge: 1361738
|
||||
- BackEdge: 1914594
|
||||
- ForwardEdge: 552856
|
||||
Cleaning up...
|
||||
cargo run --release -- show -i dataset/chrX.hprc-v1.0-pggb.local.gfa 142.91s user 16.48s system 96% cpu 2:45.14 total
|
@ -0,0 +1,257 @@
|
||||
skipped 2418 lines of type: P
|
||||
Number of entries: 8347110
|
||||
Computing graph stats...
|
||||
Computing nodes degrees...
|
||||
Computing histogram...
|
||||
Stats:
|
||||
- Nodes: 3460855
|
||||
- Edges: 3459968
|
||||
Graph degrees histogram (degree/count):
|
||||
- 1: 2123
|
||||
- 2: 2017235
|
||||
- 3: 280142
|
||||
- 4: 1047601
|
||||
- 5: 69572
|
||||
- 6: 20940
|
||||
- 7: 8895
|
||||
- 8: 4709
|
||||
- 9: 2768
|
||||
- 10: 1740
|
||||
- 11: 1140
|
||||
- 12: 873
|
||||
- 13: 644
|
||||
- 14: 436
|
||||
- 15: 339
|
||||
- 16: 267
|
||||
- 17: 210
|
||||
- 18: 183
|
||||
- 19: 127
|
||||
- 20: 100
|
||||
- 21: 97
|
||||
- 22: 77
|
||||
- 23: 55
|
||||
- 24: 48
|
||||
- 25: 48
|
||||
- 26: 28
|
||||
- 27: 33
|
||||
- 28: 32
|
||||
- 29: 39
|
||||
- 30: 29
|
||||
- 31: 19
|
||||
- 32: 18
|
||||
- 33: 17
|
||||
- 34: 8
|
||||
- 35: 15
|
||||
- 36: 7
|
||||
- 37: 12
|
||||
- 38: 14
|
||||
- 39: 10
|
||||
- 40: 8
|
||||
- 41: 6
|
||||
- 42: 8
|
||||
- 43: 8
|
||||
- 44: 6
|
||||
- 45: 10
|
||||
- 46: 5
|
||||
- 47: 5
|
||||
- 48: 6
|
||||
- 49: 5
|
||||
- 50: 9
|
||||
- 51: 2
|
||||
- 52: 6
|
||||
- 53: 3
|
||||
- 54: 4
|
||||
- 55: 2
|
||||
- 56: 1
|
||||
- 57: 8
|
||||
- 58: 1
|
||||
- 59: 3
|
||||
- 60: 3
|
||||
- 61: 1
|
||||
- 62: 1
|
||||
- 63: 5
|
||||
- 64: 1
|
||||
- 65: 3
|
||||
- 66: 1
|
||||
- 67: 6
|
||||
- 68: 2
|
||||
- 69: 1
|
||||
- 71: 3
|
||||
- 72: 3
|
||||
- 73: 2
|
||||
- 74: 2
|
||||
- 75: 1
|
||||
- 78: 1
|
||||
- 79: 1
|
||||
- 80: 2
|
||||
- 81: 1
|
||||
- 83: 1
|
||||
- 84: 2
|
||||
- 85: 2
|
||||
- 87: 2
|
||||
- 90: 1
|
||||
- 91: 1
|
||||
- 93: 1
|
||||
- 96: 2
|
||||
- 97: 3
|
||||
- 99: 1
|
||||
- 100: 1
|
||||
- 101: 2
|
||||
- 105: 2
|
||||
- 108: 1
|
||||
- 110: 1
|
||||
- 112: 1
|
||||
- 115: 2
|
||||
- 116: 1
|
||||
- 118: 1
|
||||
- 119: 2
|
||||
- 126: 1
|
||||
- 127: 1
|
||||
- 130: 1
|
||||
- 131: 1
|
||||
- 132: 1
|
||||
- 135: 1
|
||||
- 136: 1
|
||||
- 142: 1
|
||||
- 143: 1
|
||||
- 150: 1
|
||||
- 151: 2
|
||||
- 164: 1
|
||||
- 165: 1
|
||||
- 168: 2
|
||||
- 176: 1
|
||||
- 183: 1
|
||||
- 186: 1
|
||||
- 197: 1
|
||||
- 206: 1
|
||||
- 208: 1
|
||||
- 211: 1
|
||||
- 229: 1
|
||||
- 235: 1
|
||||
- 269: 1
|
||||
- 310: 1
|
||||
- 439: 1
|
||||
- 454: 1
|
||||
Computing edge types...
|
||||
Computing edge types histogram...
|
||||
Edge types histogram (type/count):
|
||||
- TreeEdge: 3459280
|
||||
- BackEdge: 33402
|
||||
- ForwardEdge: 352745
|
||||
- CrossEdge: 1041433
|
||||
Removing back edges...
|
||||
Computing edge types...
|
||||
Computing edge types histogram...
|
||||
Edge types histogram (type/count):
|
||||
- TreeEdge: 3459280
|
||||
- ForwardEdge: 352745
|
||||
- CrossEdge: 1041433
|
||||
Computing connected components...
|
||||
Computing sizes histogram...
|
||||
Connected components histogram (size/count):
|
||||
- 2: 531
|
||||
- 3: 1
|
||||
- 4: 2
|
||||
- 8: 1
|
||||
- 92: 1
|
||||
- 135: 1
|
||||
- 293: 1
|
||||
- 305: 1
|
||||
- 2286: 1
|
||||
- 5040: 1
|
||||
- 5639: 1
|
||||
- 9714: 1
|
||||
- 12885: 1
|
||||
- 30694: 1
|
||||
- 40082: 1
|
||||
- 50661: 1
|
||||
- 58959: 1
|
||||
- 101785: 1
|
||||
- 149495: 1
|
||||
- 160235: 1
|
||||
- 518148: 1
|
||||
- 951466: 1
|
||||
- 1361860: 1
|
||||
Picking largest connected component...
|
||||
Computing graph stats...
|
||||
Computing nodes degrees...
|
||||
Computing histogram...
|
||||
Stats:
|
||||
- Nodes: 1361860
|
||||
- Edges: 1356266
|
||||
Graph degrees histogram (degree/count):
|
||||
- 1: 2547
|
||||
- 2: 790748
|
||||
- 3: 124055
|
||||
- 4: 397684
|
||||
- 5: 29479
|
||||
- 6: 8481
|
||||
- 7: 3512
|
||||
- 8: 1819
|
||||
- 9: 1032
|
||||
- 10: 666
|
||||
- 11: 448
|
||||
- 12: 346
|
||||
- 13: 207
|
||||
- 14: 167
|
||||
- 15: 139
|
||||
- 16: 92
|
||||
- 17: 81
|
||||
- 18: 58
|
||||
- 19: 44
|
||||
- 20: 35
|
||||
- 21: 29
|
||||
- 22: 28
|
||||
- 23: 24
|
||||
- 24: 24
|
||||
- 25: 11
|
||||
- 26: 4
|
||||
- 27: 13
|
||||
- 28: 9
|
||||
- 29: 13
|
||||
- 30: 5
|
||||
- 31: 4
|
||||
- 32: 2
|
||||
- 33: 3
|
||||
- 34: 5
|
||||
- 35: 2
|
||||
- 36: 4
|
||||
- 37: 1
|
||||
- 38: 1
|
||||
- 39: 1
|
||||
- 40: 1
|
||||
- 41: 1
|
||||
- 42: 1
|
||||
- 43: 5
|
||||
- 44: 4
|
||||
- 45: 2
|
||||
- 47: 1
|
||||
- 50: 1
|
||||
- 52: 1
|
||||
- 54: 2
|
||||
- 57: 1
|
||||
- 64: 1
|
||||
- 67: 1
|
||||
- 72: 1
|
||||
- 73: 1
|
||||
- 78: 1
|
||||
- 83: 1
|
||||
- 96: 1
|
||||
- 99: 1
|
||||
- 100: 1
|
||||
- 109: 1
|
||||
- 115: 1
|
||||
- 119: 1
|
||||
- 129: 1
|
||||
- 149: 1
|
||||
- 163: 1
|
||||
- 182: 1
|
||||
- 235: 1
|
||||
Computing edge types...
|
||||
Computing edge types histogram...
|
||||
Edge types histogram (type/count):
|
||||
- TreeEdge: 1361622
|
||||
- ForwardEdge: 110203
|
||||
- CrossEdge: 442890
|
||||
Cleaning up...
|
||||
cargo run --release -- show -i dataset/chrX.hprc-v1.0-pggb.local.gfa 136.17s user 28.10s system 89% cpu 3:03.85 total
|
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
Loading…
Reference in New Issue