diff --git a/README.md b/README.md index 628dc3c..7e2f103 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -4,29 +4,33 @@ Creazione e analisi di un Pangenome Graph. ## Obbiettivi / Features -- [x] Caricare un Pangenome Graph dal formato GFA +- [x] Caricare un Pangenome Graph dal formato GFA -- [x] Classificare i nodi del grafo in base al tipo tree, back, forward, cross +- [x] Classificare i nodi del grafo in base al tipo tree, back, forward, cross -- [x] Rimuovere tutti i nodi di tipo back per rendere il grafo un DAG +- [x] Rimuovere tutti i nodi di tipo back per rendere il grafo un DAG -- [x] Restringere il grafo alla componente connessa più grande +- [x] Restringere il grafo alla componente connessa più grande -- [x] Ricostruire le sequenze dei nodi del grafo in base ai cammini ed alla direzione di percorrenza dei nodi (forward o reverse) +- [x] Ricostruire le sequenze dei nodi del grafo in base ai cammini ed alla + direzione di percorrenza dei nodi (forward o reverse) -- [x] Ricerca di un pattern k-mer in queste sequenze utilizzando il rolling hash +- [x] Ricerca di un pattern k-mer in queste sequenze utilizzando il rolling + hash -- [ ] (WIP) (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer presenti nel grafo +- [ ] (WIP) (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer + presenti nel grafo ## CLI Options -- `-i, --input `: file to read +- `-i, --input `: file to read -- `-c, --path_count `: number of paths to visit when searching for the pattern (default: 1) +- `-c, --path_count `: number of paths to visit when searching for + the pattern (default: 1) -- `-p, --pattern `: k-mer pattern to search (default: "ACGT") +- `-p, --pattern `: k-mer pattern to search (default: "ACGT") -- `-k, --kmer_size `: k-mer length (default: 4) +- `-k, --kmer_size `: k-mer length (default: 4) ## Usage @@ -100,15 +104,10 @@ W sample 2 B 0 4 >21>22>24>25 ## Stats -``` -========================================================== - Language Files Lines Code Comments Blanks -========================================================== - Rust 21 3606 2452 464 690 - Python 2 249 164 40 45 - TOML 8 110 99 2 9 - Markdown 4 131 0 82 34 -========================================================== - Total 35 4096 2715 588 778 -========================================================== -``` \ No newline at end of file +| Language | Files | Lines | Code | Comments | Blanks | +| --------- | ------ | -------- | -------- | -------- | ------- | +| Rust | 21 | 3606 | 2452 | 464 | 690 | +| Python | 2 | 249 | 164 | 40 | 45 | +| TOML | 8 | 110 | 99 | 2 | 9 | +| Markdown | 4 | 131 | 0 | 82 | 34 | +| **Total** | **35** | **4096** | **2715** | **588** | **778** |