From b0ab62c5ec4a1c43bb22d24fc504a79c5106ad48 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Antonio De Lucreziis Date: Wed, 30 Oct 2024 16:12:27 +0100 Subject: [PATCH] updated readme --- README.md | 23 +++++++++++++++++++---- 1 file changed, 19 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index 3c1d21f..628dc3c 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,8 +1,8 @@ # Progetto ASD 2023/2024 -Creazione e analisi di un Pangenome Graph +Creazione e analisi di un Pangenome Graph. -## Obbiettivi +## Obbiettivi / Features - [x] Caricare un Pangenome Graph dal formato GFA @@ -16,7 +16,7 @@ Creazione e analisi di un Pangenome Graph - [x] Ricerca di un pattern k-mer in queste sequenze utilizzando il rolling hash -- [ ] (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer presenti nel grafo +- [ ] (WIP) (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer presenti nel grafo ## CLI Options @@ -45,7 +45,7 @@ Creazione e analisi di un Pangenome Graph cargo run --release -- -i dataset/chrX.hprc-v1.0-pggb.local.gfa -c 2 -p ACGT -k 3 ``` - altri dataset sono elencati in [Note](#Note) + altri dataset sono elencati in [Note](#note) ## Example GFA @@ -97,3 +97,18 @@ W sample 2 B 0 4 >21>22>24>25 - [chrY.gfa](https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/pangenomes/freeze/freeze1/pggb/chroms/chrY.hprc-v1.0-pggb.gfa.gz) - [chrX.gfa](https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/pangenomes/freeze/freeze1/pggb/chroms/chrX.hprc-v1.0-pggb.gfa.gz) + +## Stats + +``` +========================================================== + Language Files Lines Code Comments Blanks +========================================================== + Rust 21 3606 2452 464 690 + Python 2 249 164 40 45 + TOML 8 110 99 2 9 + Markdown 4 131 0 82 34 +========================================================== + Total 35 4096 2715 588 778 +========================================================== +``` \ No newline at end of file