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@ -4,29 +4,33 @@ Creazione e analisi di un Pangenome Graph.
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## Obbiettivi / Features
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## Obbiettivi / Features
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- [x] Caricare un Pangenome Graph dal formato GFA
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- [x] Caricare un Pangenome Graph dal formato GFA
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- [x] Classificare i nodi del grafo in base al tipo tree, back, forward, cross
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- [x] Classificare i nodi del grafo in base al tipo tree, back, forward, cross
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- [x] Rimuovere tutti i nodi di tipo back per rendere il grafo un DAG
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- [x] Rimuovere tutti i nodi di tipo back per rendere il grafo un DAG
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- [x] Restringere il grafo alla componente connessa più grande
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- [x] Restringere il grafo alla componente connessa più grande
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- [x] Ricostruire le sequenze dei nodi del grafo in base ai cammini ed alla direzione di percorrenza dei nodi (forward o reverse)
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- [x] Ricostruire le sequenze dei nodi del grafo in base ai cammini ed alla
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direzione di percorrenza dei nodi (forward o reverse)
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- [x] Ricerca di un pattern k-mer in queste sequenze utilizzando il rolling hash
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- [x] Ricerca di un pattern k-mer in queste sequenze utilizzando il rolling
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hash
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- [ ] (WIP) (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer presenti nel grafo
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- [ ] (WIP) (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer
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presenti nel grafo
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## CLI Options
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## CLI Options
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- `-i, --input <input>`: file to read
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- `-i, --input <input>`: file to read
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- `-c, --path_count <path_count>`: number of paths to visit when searching for the pattern (default: 1)
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- `-c, --path_count <path_count>`: number of paths to visit when searching for
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the pattern (default: 1)
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- `-p, --pattern <pattern>`: k-mer pattern to search (default: "ACGT")
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- `-p, --pattern <pattern>`: k-mer pattern to search (default: "ACGT")
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- `-k, --kmer_size <kmer_size>`: k-mer length (default: 4)
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- `-k, --kmer_size <kmer_size>`: k-mer length (default: 4)
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## Usage
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## Usage
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@ -100,15 +104,10 @@ W sample 2 B 0 4 >21>22>24>25
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## Stats
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## Stats
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| Language | Files | Lines | Code | Comments | Blanks |
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| --------- | ------ | -------- | -------- | -------- | ------- |
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Language Files Lines Code Comments Blanks
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| Rust | 21 | 3606 | 2452 | 464 | 690 |
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| Python | 2 | 249 | 164 | 40 | 45 |
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Rust 21 3606 2452 464 690
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| TOML | 8 | 110 | 99 | 2 | 9 |
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Python 2 249 164 40 45
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| Markdown | 4 | 131 | 0 | 82 | 34 |
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TOML 8 110 99 2 9
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| **Total** | **35** | **4096** | **2715** | **588** | **778** |
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Markdown 4 131 0 82 34
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Total 35 4096 2715 588 778
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