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@ -1,8 +1,8 @@
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# Progetto ASD 2023/2024
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# Progetto ASD 2023/2024
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Creazione e analisi di un Pangenome Graph
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Creazione e analisi di un Pangenome Graph.
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## Obbiettivi
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## Obbiettivi / Features
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- [x] Caricare un Pangenome Graph dal formato GFA
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- [x] Caricare un Pangenome Graph dal formato GFA
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@ -16,7 +16,7 @@ Creazione e analisi di un Pangenome Graph
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- [x] Ricerca di un pattern k-mer in queste sequenze utilizzando il rolling hash
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- [x] Ricerca di un pattern k-mer in queste sequenze utilizzando il rolling hash
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- [ ] (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer presenti nel grafo
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- [ ] (WIP) (Opzionale) Calcolare le frequenze di occorrenza di tutti i k-mer presenti nel grafo
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## CLI Options
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## CLI Options
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@ -45,7 +45,7 @@ Creazione e analisi di un Pangenome Graph
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cargo run --release -- -i dataset/chrX.hprc-v1.0-pggb.local.gfa -c 2 -p ACGT -k 3
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cargo run --release -- -i dataset/chrX.hprc-v1.0-pggb.local.gfa -c 2 -p ACGT -k 3
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altri dataset sono elencati in [Note](#Note)
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altri dataset sono elencati in [Note](#note)
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## Example GFA
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## Example GFA
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@ -97,3 +97,18 @@ W sample 2 B 0 4 >21>22>24>25
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- [chrY.gfa](https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/pangenomes/freeze/freeze1/pggb/chroms/chrY.hprc-v1.0-pggb.gfa.gz)
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- [chrY.gfa](https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/pangenomes/freeze/freeze1/pggb/chroms/chrY.hprc-v1.0-pggb.gfa.gz)
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- [chrX.gfa](https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/pangenomes/freeze/freeze1/pggb/chroms/chrX.hprc-v1.0-pggb.gfa.gz)
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- [chrX.gfa](https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/pangenomes/freeze/freeze1/pggb/chroms/chrX.hprc-v1.0-pggb.gfa.gz)
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## Stats
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Language Files Lines Code Comments Blanks
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Rust 21 3606 2452 464 690
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Python 2 249 164 40 45
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TOML 8 110 99 2 9
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Markdown 4 131 0 82 34
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Total 35 4096 2715 588 778
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